português | english | français

logo

Búsqueda en bases de datos

Base de datos:
lipecs
Buscar:
BIOLOGIA COMPUTACIONAL []
Referencias encontradas:
Mostrando:
1 .. 3   en el formato [Detallado]
página 1 de 1
  1 / 3
lipecs
seleccionar
imprimir
Id:PE14.1
Autor:Jimenez Aliaga, Karim Lizeth; Zavaleta Pesantes, Amparo Iris; Izaguirre Pasquel, Víctor Luis; Yarleque Chocas, Armando; Inga Arellano, Rosalina Rosio.
Título:Clonaje caracterización molecular in silico de un transcrito de fosfolipasa A2 aislado del veneno de la serpiente peruana Lachesis muta^ies / Molecular cloning and characterization in silico of phospholipase A2 transcripto isolated from Lachesis muta peruvian snake venom
Fuente:Rev. peru. med. exp. salud publica;27(4):532-539, oct.-dic. 2010. ^btab, ^bgraf.
Resumen:Objetivo. Aislar y caracterizar in silico un transcrito del gen de fosfolipasa A2 (PLA2) aislado del veneno de Lachesis muta de la Amazonía peruana. Materiales y métodos. Se amplificó el transcrito del gen sPLA2 mediante la técnica de RT-PCR a partir de RNA total utilizando cebadores específicos, el producto de DNA amplificado se insertó en el vector pGEM para su posterior secuenciación. Mediante análisis bioinformático de la secuencia nucleotídica se determinó un marco de lectura abierta de 414 nucleótidos que codifica 138 aminoácidos, incluyendo16 aminoácidos del péptido señal, el peso molecular y el pI fueron de 13 976 kDa y 5,66 respectivamente. Resultados. La secuencia aminoacídica denominada Lm-PLA2- Perú, contiene Asp49, así como Tyr-28, Gly-30, Gly-32, His-48, Tyr52, Asp99 importantes para la actividad enzimática. La comparación de Lm-PLA2-Perú con las secuencias aminoacídicas de los bancos de datos mostró 93 porciento de similitud con las sPLA2 de Lachesis stenophrys y más del 80 porciento con otras sPLA2 de venenos de la familia Viperidae. El análisis filogenéticode la secuencia nucleotídica del transcrito del gen sPLA2 indica que Lm-PLA2-Perú se agrupa con otras sPLA2 Asp49 ácidas previamente aisladas del veneno de Bothriechis schlegelii con un 89 porciento de identidad. El modelaje tridimensional de Lm-PLA2-Perú, presenta una estructura característica de sPLA2 del Grupo II formada por tres hélices-α, una lámina-β, unahélice corta y un lazo de unión con calcio. Conclusión. La secuencia nucleotídica corresponde al primer transcripto del gen de PLA2 clonado a partir del veneno de la serpiente Lachesis muta, que habita en la selva del Perú. (AU)^iesObjective. Isolate and characterize in silico gene phospholipase A2 (PLA2) isolated from Lachesis muta venom of the Peruvian Amazon. Material and methods. Technique RT-PCR from total RNA was using specific primers, the amplified DNA product was inserted into the pGEM vector for subsequent sequencing. By bioinformatic analysis identified an open reading frame of 414 nucleotides that encoded 138 amino acids including a signal peptide of 16 aminoacids, molecular weight and pI were 13 976 kDa and 5.66 respectively. Results. The aminoacid sequence was called Lm-PLA2-Peru, contains an aspartate at position 49, this aminoacid in conjunction with other conserved residues such as Tyr-28, Gly-30,Gly-32, His-48, Tyr52, Asp99 are important for enzymatic activity. The comparison with the amino acid sequence data banks showed of similarity between PLA2 from Lachesis stenophrys (93 percent) and other PLA2 snake venoms and over 80 percent of other sPLA2 family Viperidae venoms. A phylogenetic analysis showed that Lm-PLA2-Peru grouped with other acidicAsp49 sPLA2 previously isolated from Bothriechis schlegelii venom showing 89 percent nucleotide sequence identity. Finally, the computer modeling indicated that enzyme had the characteristic structure of sPLA2 group II that consisted of three α-helices, a β-wing, a short helix and a calcium-binding loop. Conclusion. The nucleotide sequence corresponding to the first transcript of gene from PLA2 cloned of Lachesis muta venom, snake from the Peruvian rainforest. (AU)^ien.
Descriptores:Fosfolipasas A
Lachesis muta
Venenos de Serpiente
Clonación Molecular
Biología Computacional
Límites:Humanos
Animales
Medio Electrónico:http://www.ins.gob.pe/insvirtual/images/artrevista/pdf/rpmesp2010.v27.n4.a7.pdf / en
Localización:PE14.1; PE1.1

  2 / 3
lipecs
seleccionar
imprimir
Id:PE14.2
Autor:Batista Duharte, Alexander; Téllez, Bruno; Tamayo, Maybia; Portuondo, Deivys; Cabrera, Osmir; Sierra, Gustavo; Pérez, Oliver.
Título:Identificación in silico del mimetismo molecular entre epítopes T de Neisseria meningitidis B y el proteoma humano^ies / In silico identification of molecular mimicry between T-cell epitopes of Neisseria meningitidis B and the human proteome
Fuente:Rev. peru. med. exp. salud publica;30(3):441-445, jul.- sept. 2013. ^bilus, ^bgraf, ^btab.
Resumen:El objetivo del estudio fue determinar los epítopes T de cuatro de las proteínas antigénicas más frecuentes de la membrana externa de Neisseria meningitidis B e identificar los sitios más relevantes donde existe mimetismo molecular para estos epítopes en seres humanos. Para ello se realizó un estudio in silico (estudios que usan herramientas bioinformáticas) usando las bases de datos SWISS-PROT/TrEMBL SYFPEITHI y FASTA, las cuales se emplearon para la determinación de las secuencias proteicas, la predicción de los epítopes T CD4 y CD8, y la determinación del mimetismo molecular en humanos, respectivamente. Se encontró similitud molecular en varias proteínas humanas presentes en diferentes órganos y tejidos, entre ellos: hígado, piel y epitelios, cerebro, sistema linfático y testículos, destacando las encontradas en estos últimos, ya que ellas mostraron la frecuencia más alta de secuencias miméticas. Este hallazgo ayuda a comprender el éxito de N. meningitidis B para colonizar tejidos humanos, el fracaso de ciertas vacunas contra esta bacteria e incluso ayuda a explicar posibles reacciones autoimmunes asociadas a la infección o vacunación. (AU)^iesThe objective of the study was to determine the T-cell epitopes of four of the most frequent antigenic proteins of the outer membrane of Neisseria meningitidis B, and to identify the most relevant sites for molecular mimicry with T-cell epitopes in humans. In order to do so, an in silico study –a type of study that uses bioinformatic tools- was carried out using SWISS-PROT/TrEMBL, SYFPEITHI and FASTA databases, which helped to determine the protein sequences, CD4 and CD8 T-cell epitope prediction, as well as the molecular mimicry with humans, respectively. Molecular similarity was found in several human proteins present in different organs and tissues such as: liver, skin and epithelial tissues, brain, lymphatic system and testicles. Of these, those found in testicles were more similar, showing the highest frequency of mimetic sequences. This finding shed light on the success of N. meningitidis B to colonize human tissues and the failure of certain vaccines against this bacterium, and it even helps to explain possible autoimmune reactions associated with the infection or vaccination. (AU)^ien.
Descriptores:Imitación Molecular
Vacunas
Autoinmunidad
Biología Computacional
Neisseria meningitidis Serogrupo B
Proteoma
Cuba
Límites:Humanos
Medio Electrónico:http://www.ins.gob.pe/insvirtual/images/artrevista/pdf/rpmesp2013.v30.n3.a12.pdf / es
Localización:PE14.1; PE1.1

  3 / 3
lipecs
seleccionar
imprimir
Id:PE1.1
Autor:Zimic Peralta, Mirko Juan.
Título:El impacto de la bioinformática en el mundo y en el Perú^ies / The impact of information technology in the world and in Peru
Fuente:Acta hered;54:58-59, mar.-sept. 2014. ^btab.
Descriptores:Biología Computacional
Biología Computacional/tendencias
Perú
Medio Electrónico:http://www.upch.edu.pe/vrinve/dugic/revistas/index.php/AH/article/view/2273/2239 / es
Localización:PE1.1



página 1 de 1

Base de datos  lipecs : Formulario avanzado

   
Buscar:
en el campo:
 
1     
2   
3